【R】Projectとrenvを使って手軽に分析環境を保存する

2022-12-292024-03-10

データ分析にとても役立つ「R」ですが、使っている間にR自体のバージョンやパッケージ（ライブラリ）のバージョンが変わることがよくあります。

通常ではパッケージのインストールフォルダが共通のため、新しいパッケージをインストールする際に依存しているパッケージが「気付かずに」アップデートされることもしばしば起こります。

論文に記載するパッケージのバージョンが分析と投稿までの間に変わっていた事もあります...。

他にも、本番環境と開発環境のRバージョンが異なると、開発環境で追加した機能の依存パッケージがインストールできなくなる場合も出てきます。

そんな状況を防ぐために、ここではRStudioのProjectとrenvを使って分析環境を保存する方法を説明しています。

Contents

1. RStudio – Project
2. renv
3. Project + renv
4. 便利な点
- 4.1. 分析・解析当時の環境を保存できる
- 4.2. 以前のバージョンのパッケージも簡単にインストール
5. 注意点
- 5.1. renv.lockの更新には注意
- 5.2. 完全に環境を切り分けるにはコンテナや仮想環境

RStudio – Project

RstudioはRの統合開発環境（IDE）で、Rに関わるファイル、関数、変数、パッケージ、図などを管理することができます。

中でもプロジェクト（Project）機能では、.Rprofileもプロジェクト毎に作成・読み込みされるため分析で必要になるファイルをまとめるだけでなくワーキングディレクトリや履歴も一緒に保存してくれます。

renv

renvは、Rstudioが開発しているRのパッケージ管理システムです。

使い方をまとめて下さっていたので、仕組みやコマンドはリンクをご覧ください。

Rのパッケージ管理のためのrenvの使い方

Project + renv

Rstudioでプロジェクトを作成する際に「Use renv with this project」にチェックを入れると、renvを使ってプロジェクトが管理されます。

使い方のイメージでは、Pythonのvenvと同じような感覚で使う事ができます。

この際、renv自体がインストールされていない場合はインストールするか聞かれるため、「はい」を選んでインストールして下さい。

プロジェクト作成時に、Rのバージョンとrenvのバージョンが記録されたrenv.lockが作成されます。

{
  "R": {
    "Version": "4.2.2",
    "Repositories": [
      {
        "Name": "CRAN",
        "URL": "https://cran.rstudio.com"
      }
    ]
  },
  "Packages": {
    "renv": {
      "Package": "renv",
      "Version": "0.16.0",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "c9e8442ab69bc21c9697ecf856c1e6c7",
      "Requirements": []
    }
  }
}

renv.lockは明示的に更新する必要があるため、必要なパッケージのインストールが終わった時点で renv::snapshot()でrenv.lockを更新します。

例）Rcmdrのインストール後

インストールされたパッケージとバージョンが記録されています。

{
  "R": {
    "Version": "4.2.2",
    "Repositories": [
      {
        "Name": "CRAN",
        "URL": "https://cran.rstudio.com"
      }
    ]
  },
  "Packages": {
    "DBI": {
      "Package": "DBI",
      "Version": "1.1.3",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "b2866e62bab9378c3cc9476a1954226b",
      "Requirements": []
    },
    "Formula": {
      "Package": "Formula",
      "Version": "1.2-4",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "cc8c8c4d61346cde1ca60030ff9c241f",
      "Requirements": []
    },
    "Hmisc": {
      "Package": "Hmisc",
      "Version": "4.7-2",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "38d81aab48fd9587c47c8dd20d8498cd",
      "Requirements": [
        "Formula",
        "base64enc",
        "cluster",
        "data.table",
        "foreign",
        "ggplot2",
        "gridExtra",
        "gtable",
        "htmlTable",
        "htmltools",
        "lattice",
        "latticeExtra",
        "nnet",
        "rpart",
        "survival",
        "viridis"
      ]
    },
以下略