【R】renvでEZRを使う時のちょっとした注意点
定型的な統計解析やShinyアプリケーションを作る場合はあまり使いませんが、臨床データの分析や統計解析ではEZRをよく使っています。
そして、やっぱり依頼されるデータやプロジェクト別に管理をしたいので、EZRを使う場合でもRStudioのProjectとrenvを使っています。
ただ、renvを使う場合はちょっと注意が必要なので、メモがてら注意点を記載しています。
インストール時の注意点
EZRの実行にRコマンダーが必要ですが、Rコマンダーの初回起動時は追加のパッケージがインストールされます。
この時、「はい」を選んでパッケージをインストールしてしまうと、renvでは管理されません。
Rコマンダーのインストール時に必要な追加パッケージも一緒にインストールして、renvで管理できるようにします。
Rコマンダーと一緒に指定すると忘れづらくなります。
install.packages(c("Rcmdr", "sem", "rgl", "multcomp", "markdown", "lmtest", "leaps", "aplpack"))後、注意点と言うほどではありませんが、新規プロジェクトを作成する度にRコマンダーとEZRのインストールが必要のため、少し手間がかかります。
分析時の注意点
Environmentに表示される変数
Rコマンダー・EZRでの操作でもRStudioのEnvironmentに変数は表示されますが、RStudio上での作業と違い多少時間が必要です。
また、確認したわけではありませんがアクティブなウィンドウをRコマンダー・EZRからRStudioに変更してからしばらく時間がかかる印象です。
とは言え、更新もされるのであまり慌てず操作すれば問題ない範囲だと思います。
EZRの操作は.Rhistoryに保存されない
こちらは少し注意が必要です。
Rコマンダー・EZRで行った作業内容が保存されないので、Rコマンダーで作成されるRマークダウンを出力するか、作成したRスクリプトを一度RStudio上で実行する必要があります。
Rマークダウンの場合は「RcmdrMarkdown.html」「RcmdrMarkdown.md」「RcmdrMarkdown.Rmd」がホームディレクトリに作成されるだけですが、個人的にはプロジェクト別にフォルダが分かれているので、必要な分析が終わる度にRマークダウンを出力して対応しています。
まとめ
そもそも、RStudioは開発用のIDEのためRコマンダーのは前提にされていないと思いますが、プロジェクト管理の機能は捨てがたく、管理も楽になるため無理矢理使っています。
とは言え、マークダウンの出力さえ忘れなければ大きな問題は起きていません。
探索的な分析や解析こそ他のプロジェクトと混ざると後々面倒になるため、プロジェクト管理とバージョン管理をしながらEZRを使うと、数年後に役に立つ場合が出てきますよ。