【R】Shiny Server構築にあたってVirtualBoxとDockerでオーバーヘッドの比較

2022-04-072024-03-19

天秤の両端にA、Bと書かれた文字のイラスト。BがAより重たく、天秤が傾いている。

Contents

1. 目的
2. 条件・方法
3. 環境構築
4. 結果
5. 結論
- 5.1. 残る疑問点

目的

現在は古いPCにUbuntu 18.04 DesktopとR 4.0.3をインストールしてShiny-Serverを動かしていますが、来年で10年経過するPCのためバックアップ運用の体制を整えたいと思っています。その際、実機にOSインストールから環境構築は時間がかかるため、仮想環境かコンテナで復旧を楽にしたいと考えました。

ただ、以前Windows10 + VirtualBoxでShiny-Serverを動かしていた時は非常に動作が遅かったので、仮想化は難しいと考え、オーバーヘッドが少ないと言われているDockerならどうか？と言うことで予備実験をしました。

システム条件・プロセス数を変えてR benchmark実行時間を比較（RとMKL：Microsoft R O

条件・方法

ハードウェア：CHUWI CoreBox
CPU：Core i5-8259U 4コア8スレッド（Passmark Average:8133, Single Thread Rating:2246）
メモリ：16GB
ベンチマークプログラム：R-benchmark-25.R
システム条件
１．Windows11（RGUI）
２．Windows11 + VirtualBox（Ubuntu 20.04 Server）
３．Windows11 + WSL2 & Docker Desktop（Ubuntu 20.04）
R Version
１．R 4.1.3（Windows11） or R 3.6.3（Ubuntu 20.04）
２．Microsoft R Open（MRO） 4.0.2

以前の比較からハードウェア・システムとも条件が変わっています。とりあえずR-benchmarkの実行時間だけさっくり比較なので、Rのバージョンもこだわらずaptでインストールしました。

方法は、RコンソールからR-benchmark-25.Rの実行時間（Total time for all 15 tests）を比較します。

ついでに、以前Windows10のMROではプロセス数が増えると実行時間が極端に延長したので、改めて検証します。

環境構築

【初心者】Windows11とDockerコンテナでRとMicrosoft R Openの実行環境を構築（練習）

結果

VirtualBoxとDockerの比較

条件	システム	R version	実行時間
1-1	Windows11	R 4.1.3	40.93
1-2	Windows11	MRO 4.0.2	4.30
2-1	Win11 + VirtualBox	R 3.6.3	40.05
2-2	Win11 + VirtualBox	MRO 4.0.2	7.82
3-1	Win11 + Docker	R 3.6.3	37.00
3-2	Win11 + Docker	MRO 4.0.2	4.15