【初心者】Windows11とDockerコンテナでRとMicrosoft R Openの実行環境を構築（練習）

2022-04-072024-03-01

Contents

1. 目的
2. 手順
3. 気づいたこと

目的

Dockerコンテナ、何となく雰囲気はわかりますが、あまり触れる機会も無いので使ったことはありません。

今回、VirtualBoxとDockerコンテナを使って、Ubuntu Server上で動かす統計ソフト「R」と「Microsoft R Open」の実行速度がどの程度違うのかを確認することになりました。

Rが使えるコンテナイメージもあるようですが、せっかくなので（よく分からないので）1から手を動かした記録です。

手順

WSL2の有効化

Power Shellを管理者として実行（右クリックから）してコマンド入力。

wsl --install

結構待って、再起動。

Ubuntuが自動で立ち上がるので、ユーザー名とパスワードを入力。

Ubuntuがアプリに登録されました。

Docker Desktop on Windowsのインストール

DockerのサイトからWindows用インストーラをダウンロードします。

後は、インストーラに従って進めます。

インストール終了後はログアウトされるので、再度ログインすると承認画面が出てきます。

Acceptすると無事にインストール完了です。

コンテナを作ってみる

Dockerfileの作り方がわからないため、Ubuntuイメージからコンテナ作成　→　必要なプログラムのインストール　→　Rの実行と、普通のUbuntu Server構築のように進めました。

Docker Desktopからも作業ができそうな感じでしたが、Power Shellでポチポチとコマンドを叩きます。

Ubuntuのイメージ取得

Power Shellのコンソールから見よう見まねでコマンドを叩きます。

>docker pull ubuntu

バージョンを指定していないので、latest（現在は20.04）になります。

バージョンを変えたい場合（例：18.04）

>docker pull ubuntu:bionic

コンテナ作成とMROインストール・スクリプトの実行

コンテナを作成してログインします。その後、必要なプログラムをインストールします。

rootでログインになります。

>docker run -it ubuntu
//以下はコンテナ内
#apt update
//必要なプログラム・ライブラリのインストール
#apt install wget build-essential vim gfortran libtinfo5 libpangocairo-1.0-0
//MROのダウンロードインストール
#wget https://mran.blob.core.windows.net/install/mro/4.0.2/Ubuntu/microsoft-r-open-4.0.2.tar.gz
#tar -xf microsoft-r-open-4.0.2.tar.gz
#cd microsoft-r-open-4.0.2.tar.gz
#./install.sh
//途中で止まったりしたけど何度か繰り返したらインストール終了
//Rベンチマークスクリプトのダウンロード
#cd /
#wget http://r.research.att.com/benchmarks/R-benchmark-25.R
//ベンチマークスクリプトの修正（42行目）　→　参考サイト
#vim R-benchmark-25.R
//Rコンソールの起動
#R
//以降はRコンソール
>install.packages("Matrix")
>install.packages("SuppDists")
>source("/R-benchmark-25.R")
//終了

//コンテナの反応が無くなった時の対応
//新しくPower Shellを起動
//コンテナ停止
>docker stop コンテナID
//コンテナ起動
>docker start コンテナID
//コンテナにログイン
>docker attach コンテナID

MROとは別のコンテナ作成と通常のRインストール・スクリプトの実行

こちらはaptでインストールできるのでスムーズに進みました。

>docker run -it ubuntu
//以下はコンテナ内
#apt update
//必要なプログラム・ライブラリのインストール
#apt install wget vim
//Rのダウンロードとインストール
#apt install r-base
//Rベンチマークスクリプトのダウンロード
#wget http://r.research.att.com/benchmarks/R-benchmark-25.R
//ベンチマークスクリプトの修正（42行目）　→　参考サイト
#vim R-benchmark-25.R
//Rコンソールの起動
#R
//以降はRコンソール
>install.packages("SuppDists")
>source("/R-benchmark-25.R")
//終了